Скорее всего действительно вибрации передаются на корпус. К тому же и сам корпус может резонировать. Стоит также проверить плотность прилегания составных частей оного, иногда дребезжит неплотное соединение. Лучше, если получится сделать виброразвязку помпы и корпуса. Полностью добиться подобного вряд ли возможно, ибо в любом случае помпа соединяется с остальными компонентами при помощи шлангов, и даже самые эластичные из них всё равно какой-то процент вибрации передают. Так что речь идёт всего лишь о сведении эффекта к минимуму.
Что можно посоветовать. Развязать помпу и резервуар, ну и уж во всяком случае избегать, елико возможно, резервуаров в формате 5,25, тем паче совмещённых с помпой. Изолировать их от корпуса крайне сложно.
Далее. Использовать шланги вместо hardtubing-а, помпу устанавливать на "сэндвич" (есть в Оверхарде, этакая слоёная губка), а если совсем заморочиться, то и запилить/купить изоляционный бокс для помпы.
Можно также попробовать шумоизоляцию корпуса, т.е. оклеить изнутри материалом, рассеивающим звуковые волны.
Все эти методы по отдельности дают не так уж много, но в сумме могут изменить ситуацию к лучшему.